Lintang: -7.7869620
Bujur: 110.3700490
Hari lahir Gereja HKBP ditandai dengan di baptisnya Jacobus Tampubolon dan Simon Siregar oleh misionaris van Asselt di Sipirok, Tapanuli Selatan pada tanggal 7 Oktober 1861. Bangunan Gereja didirikan pada tahun 1923. Pada awalnya merupakan bangunan Geerefonneede Kerk Djogja. Bangunan gereja kemudian difungsikan sebagai tempat dansa dan musik orang orang Belanda (Muziekenten). Pada masa pendudukan Jepang bangunan ini dipakai sebagai rumah tahanan wanita Belanda (Intemerens Camp Belanda). Pada awal tahun 1940-an banyak orang Batak datang ke Pulau Jawa, termasuk di Yogyakarta. Para pemuda datang ke Yogyakarta pada umumnya melanjutkan pendidikan di AMS (Algemene Middelbare School). Pada awalnya orang-orang Batak mengikuti kebaktian di gereja gereja lain di Yogyakarta (biasanya di Gereja Margamulyo). Pada tanggal 7 April 1946, orang Batak di Yogyakarta untuk pertama kalinya mengadakan kebaktian yang dihadiri sekitar delapan keluarga serta beberapa pemuda dan anak-anak di jalan Pakuningratan No. 6 Yogyakarta. Kebaktian ini mengatas namakan HKBP Cabang Yogyakarta walaupun secara yuridis formal HKBP di Yogyakarta belum ada. Pertemuan khotbah tanggal 7 April 1946 inilah yang dijadikan hari lahir gereja HKBP Yogyakarta. Kebaktian pertama kali dipimpin oleh seorang jemaat bemama J.A. Lumbantobing, yang dihadiri antara lain oleh keluarga W. Hutabarat, Aritonang, O. Hutabarat, J.A. Lumbantobing, dan Siregar. Tempat kebaktian HKBP pertama kali adalah di Jalan Pakuningratan No. 6 Yogyakarta. Dengan meningkatnya jumlah jemaat, maka HKBP Yogyakarta harus mengusahakan tempat kebaktian yang lebih luas. Dari Jalan Pakuningratan No. 6 pidah ke SD Ungaran Kotabaru. Pada tanggal 13 Oktober 1946 pindah ke Gereja Margamulya, pindah lagi ke Balai Pertemuan Kristen (BPK) Gondokusuman No. 41 milik Gereja Kristen Jawa Yogyakarta. Pendeta Darmo memberitahukan bahwa di lingkungan BPK masih ada tempat kosong yang dapat digunakan untuk kebaktian. Agar dapat menggunakan tempat tersebut, HKBP harus membayar 10 Gulden setiap bulan untuk biaya perawatan dan pengaturan gedung serta tunjangan bagi pegawai BPK. Dan BPK tempat kebaktian pindah ke Sekolah Menengah Kristen Terban Taman No. 33. Pada tanggal 17 November 1946 tempat kebaktian kembali lagi ke BPK, karena BPK tidak jadi digunakan asrama mahasiswa theologia.