Lintang: -7.8293550
Bujur: 110.3982140
Masjid Mataram Kotagede diperkirakan dibangun pada masa pemerintahan Panembahan Senopati antara tahun 1575 – 16-1 Masehi. Perkiraan ini didasarkan atas bangunan makam. Bangunan makam tertua adalah makam yang berada di dalam bangunan Tajug. Di dalam bangunan ini terdapat tiga makam. Menurut riwayat sewaktu Nyai Ageng Enis (Ibu Pemanahan) meninggal dunia jenazahnya dimakamkan di dalam bangunan langar. Pemanahan sendiri juga memberikan pesan kepada anaknya jika ia meninggal kelak jenazahnya dimakamkan di dekat Nyai Ageng Enis. Jika cerita ini benar maka dapat diambil kesimpulan bahwa sewaktu Pemanahan hidup, masjid belum ada karena Pemanahan meninggal dunia pada tahun 1575 Masehi, maka masjid dibangun setelah Pemanahan meninggal dunia. Sumber lain mengatakan, masjid dibangun pada masa pemerintahan Sri Sultan Hamengku Buwono I. Hal ini dapat dilihat berdasarkan data prasasti yang berhuruf Arab dan berbahasa Jawa. Prasasti yang terdapat di masjid tersebut menerangkan bahwa masjid didirkan pada hari Ahad Kliwon tanggal 6 Rabiulakhir 1188 H atau 6 Rabiulakhir tahun Alip 1699 JW (pura trus winayang jalma). Menurut tarikh masehi tanggal tersebut merupakan tanggal 27 Juni tahun 1773.